Das Kloster Schönau mit seiner über 800jährigen Geschichte verdankt sein Entstehen den beiden im Mittelalter bedeutendsten Adelsgeschlechtern der Region: den Freiherrn von Thüngen und den Grafen von Rieneck. So geht seine Gründung im Jahr 1189 auf die Adelsfamilie derer von Thüngen zurück. Mitte des 13. Jahrhunderts drohte das junge Frauenkloster allerdings wieder zu veröden.
Nun sorgten die Rienecker für Erhalt und Fortbestand, so besonders durch die Entsendung junger Frauen aus der Adelsfamilie. Zur Abtei erhoben erlebte das Kloster fast drei Jahrhunderte der Blüte, wobei allein sechs der Äbtissinnen aus dem Hause Rieneck stammten. Im 16. Jahrhundert jedoch wurde das Kloster durch kriegerische Zerstörungen und Plünderungen, so auch im Bauernkrieg, erheblich in Mitleidenschaft gezogen. Zudem zwang ausbleibender Nachwuchs die Schönauer Zisterzienserinnen zur Auflassung ihres Klosters im Jahr 1564.
Nach 135 Jahren des Verfalls erweckten die Franziskaner-Minoriten aus Würzburg das Kloster Schönau zu neuem Leben.